فهرست زیر، شامل عناوین همه آثار مستقل مرحوم محقق طباطبائی است.
برای مشاهده عناوین چاپ شده، این (لینک) را ببینید.

تألیف
1ـ مستدرک الذریعة
2ـ أضواء علی الذریعة
3ـ تهذیب الذریعة
4ـ تعلیقات علی طبقات أعلام الشیعة
5ـ معجم أعلام الشیعة

• چاپ اول، انتشارات مؤسسه آل البیت علیهم السلام لإحیاء التراث، قم، ۱۳۷۵، ۵۲۸ ص، شابک: ۵-۰۳۱-۳۱۹-۹۶۴.

6ـ الحاشیة علی کتاب الغدیر
7ـ علی ضفاف الغدیر
مستدرکی است بر جلد اول «الغدیر» علامه امینی، که در آن روات حدیث غدیر به همان ترتیب علامه، از صحابه و تابعین و طبقات بعد، به همان سبک و روش ارائه شده اند.
8ـ الغدیر فی التراث الإسلامی

• چاپ اول، دارالمؤرخ العربی، بیروت، ۱۳۷۲، ۳۳۶ ص.
  
• چاپ اول، انتشارات الهادی، قم، ۱۳۷۴، ۳۴۲ ص

9ـ من فیض الغدیر
10ـ أهل البیت علیهم السلام فی المکتبة العربیة
شناسایی آثار مخطوط و چاپی از مؤلفین اهل سنت، درباره اهل بیت علیهم السلام.

• چاپ اول، انتشارات مؤسسه آل البیت علیهم السلام لإحیاء التراث، قم، ۱۳۷۵، ۷۲۸ ص، شابک: ۳-۰۳۲-۳۱۹-۹۶۴

11ـ فهرس مخطوطات مکتبة أمیر المؤمنین علیه السلام العامة فی النجف الأشرف
12ـ نتائج الأسفار
13ـ نصوص و مقتطفات من نفائس المخطوطات
14ـ فهرست نسخ خطی حدیث در کتابخانه آستان قدس رضوی
15ـ فهرست نسخ خطی فقه در کتابخانه آستان قدس رضوی
16ـ المختارات من مخطوطات ترکیا

• زیر چاپ از سوی بنیاد محقق طباطبائی.

17ـ الشیخ المفید وعطاؤه الفکري الخالد

• بخش اول، تراثنا ش ۳۰ و ۳۱، ۱۴۱۳ ق
  
• بخش اول و دوم، کنگره شیخ مفید، قم، ۱۴۱۳ ق
  
• بخش اول، سلسلة مؤلفات الشیخ المفید، دارالمفید، بیروت، ۱۴۱۴ ق

18ـ فهرس المنتخب من مخطوطات تبریز
19ـ فهرس المنتقی فی مخطوطات الحجاز
20ـ فوائد الأسفار
21ـ نهج البلاغة عبر القرون
کتابی است مفصل در تاریخ نهج البلاغه که در آن کتابهایی که به تدوین سخنان امیرالمؤمنین علیه السلام پیش از تدوین نهج البلاغة پرداخته اند معرفی شده اند و نسخ خطی نهج البلاغه را تا پایان قرن دهم آمده و ترجمه های نهج البلاغه از دیرباز تا به قرن حاضر معرفی شده و در بخش مفصلی شروح نهج البلاغه با شرحال مفصلی از شارحان نهج ارائه شده است.
22ـ قید الأوابد وجمع الشوارد
23ـ مخطوطات اللغة العربیة في مکتبات إیران

• منتشر شده در مجلد دوم مجموعه «المحقق الطباطبایی فی ذکراه السنویة الأولی»، انتشارات مؤسسه آل البیت علیهم السلام لإحیاء التراث، ۱۳۷۵

24ـ مذکرات المتحف البریطاني
25ـ مکتبة العلامة الحلي

• چاپ اول، انتشارات مؤسسه آل البیت علیهم السلام لإحیاء التراث، قم، ۱۳۷۴، ۲۶۴ ص، شابک : ۹-۰۰۹-۳۱۹-۹۶۴

26ـ ملحق سند حدیث الثقلین

• منتشر شده در جلد دوم «نفحات الأزهار» تألیف علامه سید علی اصغر میلانی ص ۸۵ ـ ۲۲۱

27ـ المهدي علیه السلام في السنة النبویة
28ـ قبسات من فضائل أمیرالمؤمنین علیه السلام

• چاپ اول، انتشارات دلیل، قم، ۱۳۷۹، ۹۲ ص، شابک: ۵-۱۷-۷۰۰۷-۹۶۴ / چاپ دوم، انتشارات دلیل ما، قم، ۱۳۸۱

29ـ إنباء السماء بأنباء کربلاء
استدراکی است بر کتاب «سیرتنا وسنتنا» از علامه امینی، که در آن بخش های مختلف کتاب تفصیل داده شده است.
30ـ الحسین والسنة

• چاپ اول، انتشارات مدرسه چهلستون، تهران، ۱۳۵۵، ۱۴۹ ص

31ـ حیاة السید محمد کاظم الطباطبایي الیزدي
32ـ حیاة الشیخ یوسف البحراني

• در ضمن کتاب حدائق و سپس به صورت مستقل در نجف اشرف منتشر شد.

تصحیح و تحقیق
34ـ طرق حدیث من کنت مولاه فعلي مولاه / شمس الدین الذهبي

• چاپ دوم، انتشارات دلیل، قم، ۱۳۷۹، ۱۵۹ ص
  
• چاپ دوم، انتشارات دلیل ما، قم، ۱۳۸۱، شابک: ۵-۰۶-۷۹۹۰-۹۶۴

35ـ مقتل أمیرالمؤمنین علیه السلام / ابن أبي الدنیا

• تراثنا، شماره ۱۲، سال ۱۴۰۸ ق. صص ۷۹ ـ ۱۳۳

36ـ الأربعون المنتقی من مناقب المرتضی / أبو الخیر أحمد بن إسماعیل الطالقانی القزویني

• تراثنا، شماره ۱، سال ۱۴۰۵ ق.

37ـ ترجمة أمیرالمؤمنین علیه السالم من تاریخ مدینة دمشق / ابن عساکر الشافعي الدمشقي
38ـ فضائل أمیرالمؤمنین علي بن أبي طالب علیه السلام / أحمد بن حنبل

• چاپ اول، بنیاد محقق طباطبائی، قم، ۱۳۹۱، ۴۸۰ ص

39ـ ترجمة الإمام الحسن علیه السلام من کتاب الطبقات الکبیر / ابن سعد

• چاپ اول، انتشارات مؤسسه آل البیت علیهم السلام لإحیاء التراث، ۱۴۱۶ ق، ۱۲۶ ص، شابک: ۲-۹۲-۵۵۰۳-۹۶۴

40ـ ترجمة الإمام الحسین علیه السلام من کتاب الطبقات الکبیر / ابن سعد

• چاپ اول، انتشارات مؤسسه آل البیت علیهم السلام لإحیاء التراث، قم، ۱۴۱۵ ق،
  
• چاپ دوم، انتشارات مؤسسه آل البیت علیهم السلام لإحیاء التراث، بیروت، ۱۴۱۶ ق، ۱۲۱ ص، شابک: ۷-۴۷-۵۵۰۳-۹۶۴

41ـ ترجمة الإمام الحسین علیه السلام من کتاب بغیة الطلب فی تاریخ حلب / کمال الدین بن العدیم بن أبی جرادة الحلبی

• چاپ اول، انتشارات دلیل ما، قم، ۱۳۸۱، ۲۵۴ ص، شابک: ۴-۹۱-۷۵۲۸-۹۶۴

42ـ فهرس کتب الشیعة وأصولهم / شیخ الطائفة محمد بن الحسن الطوسي

• چاپ اول، مکتبة المحقق الطباطبایي، قم، ۶۷۶ ص، ۱۴۲۰، شابک: ۶-۱۹۶-۳۱۹-۹۶۴

43ـ عقد الدرر في أخبار المهدي المنتظر / یوسف بن یحیی السلمي الشافعي الدمشقي
44ـ العقود الاثنی عشر في رثاء سادات البشر / السید مهدي بحر العلوم

• تراثنا، شماره ۱۰، سال ۱۴۰۸ ق

45ـ فرائد السمطین في فضائل المرتضی والبتول والسبطین / صدر الدین إبراهیم بن محمد بن حمویه الحموئي الشافعي الدمشقي
46ـ فهرست أسماء علماء الشیعة ومصنفیهم / الشیخ منتجب الدین بن بابویه الرازي

• چاپ اول، منشورات المکتبة المرتضویة لإحیاء الآثار الجعفریة، قم، ۱۴۰۴ ق، ۲۴۶ ص

47ـ مطالب السؤول في مناقب آل الرسول

• چاپ اول، انتشارات مؤسسة البلاغ، بیروت، ۱۹۹۹ م، ۳۲۵ ص

48ـ مکتبة العلامة الکراجکي / أحد معاصري الکراجکي

• تراثنا، شماره ۴۳ ـ ۴۴، سال ۱۴۱۶ ق

اسنتساخ‌ها
الأبحاث المفیدة في تحصیل العقیدة / الحسن بن یوسف بن المطهر الحلي
أدب التاریخ / الشیخ علي بن حسین آل البازي
الباب الحادي عشر / الحسن بن یوسف بن المطهر الحلي
البرهان في علامات مهدي آخر الزمان / علي بن حسام الدین المتقي
تراجم أعلام ساقطة من نقباء البشر / آقابزرگ الطهراني
تلخیص البیان في علامات مهدي آخر الزمان / علي بن حسام الدین المتقي
الدارات / الأصمعي
الذریعة إلی تصانیف الشیعة / آغابزرگ الطهراني
ذکر مخاطبة جرت بین أبی إسحاق إبراهیم بن السري الزجاج وأبي العباس أحمد بن یحیی ثعلب في مواضع أنکرها علیه وغلط فیها من کتاب فصیح الکلام
الرد علی من حکم وقضی أن المهدي الموعود جاء ومضي / نور الدین علي المتقي
رسالة في إعجاز سورة الکوثر / الزمخشري

• به تحقیق حامد الخفاف، تراثنا، شماره ۱۳، سال ۱۴۰۸ ق.

رسالة في تحریم الفقاع / شیخ الطائفة الطوسي

• به تحقیق رضا استادی، الرسائل العشر، مؤسسة النشر الإسلامی، قم، ۱۳۶۱ ش.

رسالة في التذکیر والتأنیث
رسالة في رد من أنکر أن عیسی إذا نزل یصلي خلف المهدي صلاة الصبح / جلال الدین عبد الرحمن بن أبي بکر السیوطي
رسالة في عمل الیوم واللیلة / شیخ الطائفة الطوسي

• به تحقیق رضا استادی، الرسائل العشر، مؤسسة النشر الإسلامی، قم، ۱۳۶۱ ش.

رسالة في الفرق بین النبي والإمام / شیخ الطائفة الطوسي

• به تحقیق رضا استادی، الرسائل العشر، مؤسسة النشر الإسلامی، قم، ۱۳۶۱ ش.

شرح قصیدة المفجع / محمد بن أحمد بن عبدالله البصري
صفات الشیعة / الشیخ الصدوق
العرف الوردي في أخبار المهدي
عقود حیاتي / محمد حسین آل کاشف الغطاء
فضائل أهل البیت من کتاب الکامل لابن عدي
اللیل والنهار / أبو الحسن أحمد بن فارس اللغوي

• به تحقیق حامد الخفاف، تراثنا، شماره ۱۴، سال ۱۴۰۹ ق / چاپ اول، دارالمؤرخ العربي، بیروت، ۱۹۹۳ م.

مختصر في علم الکلام / المحقق الحلي
مزیل اللبس عن حدیث رد الشمس / محمد بن یوسف الدمشقي الصالحي
معارج الوصول إلی معرفة فضل آل الرسول والبتول / محمد بن یوسف بن الحسن المدني الزرندي
معجم شیوخ ابن عساکر
مفرحة الأنام في تأسیس بیت الله الحرام / زین العابدین بن نور الدین الحسیني
المفصح في الإمامة / شیخ الطائفة الطوسي

• به تحقیق رضا استادی، الرسائل العشر، مؤسسة النشر الإسلامي، قم، ۱۳۶۱ ش.

مناقب علي بن أبي طالب / ابن المغازلي علي بن محمد الواسطي
نظم البراهین في أصول الدین / الحسن بن یوسف بن المطهر الحلي
واجب الاعتقاد / العلامة الحلي

مقالات
ابن طلحة / دائرةالمعارف بزرگ اسلامی
ابو الخیر طالقانی / دائرةالمعارف بزرگ اسلامی
أهل البیت علیهم السلام في المکتبة العربیة / تراثنا
حدیث الغدیر: رواته قلیلون للغایة.. کثیرون للغایة / کنگره غدیر لندن
شخصیت علمی و مشایخ شیخ طوسی / میراث اسلامی ایران
الشیخ المفید وعطاؤه الفکري الخالد / کنگره شیخ مفید
الغدیر في التراث الإسلامي / تراثنا
فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه آقای حاج سید محمد طباطبایی قاضی تبریزی / نشریه نسخه های خطی دانشگاه تهران
فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه ثقةالاسلام در تبریز / نشریه نسخه های خطی دانشگاه تهران
فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه مزار عبدالقادر گیلانی در بغداد / نشریه نسخه های خطی دانشگاه تهران
ما تبقی من مخطوطات نهج البلاغة / تراثنا
ما قیل في نهج البلاغة من نظم و نثر / تراثنا
ما ینبغي نشره من التراث / تراثنا
مخطوطات نهج البلاغة، طبعاته، منتخباته، ترجماته إلی شتی اللغات / تراثنا
المدونات التاریخیة لواقعة الطف / کنگره حسین دی در لندن
من تراثنا الخالد في شیراز / میراث اسلامی ایران
موقف الشیعة من هجمات الخصوم وخلاصة عن کتاب عبقات الأنوار / تراثنا
نهج البلاغة عبر القرون / تراثنا

متفرقات
معرفی چند نسخه خطی از کتابخانه وزیری یزد و کتابخانه ملک
معرفی چند نسخه خطی از دانشگاه آمریکایی بیروت
معرفی چند نسخه خطی از فهرست نسخ خطی عربی ماخ در دانشگاه پرینستون، مجموعه یهودا
معرفی چند نسخه خطی از کتابخانه آیت‌الله حکیم در نجف اشرف
معرفی چند نسخه خطی از کتابخانه چستربیتی
نسخ خطی کتابخانه حاج عالم در شیراز
کتابخانه‌های ترکیه و آمار نسخ خطی آنها
معرفی چند نسخه خطی در کتابخانه‌های ترکیه
وصیتنامه آیت‌الله سید محمد کاظم طباطبایی یزدی از دستخط شیخ محمد حسین کاشف الغطاء
وقفنامه کتابخانه امیرالمؤمنین در نجف اشرف
وصیتنامه علامه امینی
مجموعه نامه‌ها و مکاتبات سیاسی از آیت‌الله حکیم، کاشف الغطاء، عبدالکریم قاسم، ملک فیصل و...
فهرست فضائل علی بن أبی طالب از احمد بن حنبل بر حسب مسانید
مالک بن أنس وبغضه لأمیرالمؤمنین علیه السلام
معرفی چند نسخه خطی از موزه بریتانیا
تصحیحات تکملة الأمل
الأربعین التساعیات للحموئي
مشایخ مؤلف فرائد السمطین عن کتاب الأربعین
فضائل أمیرالمؤمنین من مصادر العامة
شرح حال مولی محسن فیض کاشانی: مشایخ، شاگردان، مؤلفات...
تراجم بعض علما
عهد المأمون إلی الإمام الرضا علیه السلام و جواب الإمام الرضا علیه السلام
شیوخ ابن عساکر
تقریرات درس اصول آیت‌الله العظمی خوئی از ابتدای موضوع علم تا انتهای مبحث معنای حرفی
نفائس مخطوطات کتابخانه آستان قدس رضوی
معرفی چند نسخه خطی از کتابخانه آیت‌الله مرعشی نجفی
شرح حال سدید الدین حمّصی
معرفی چند نسخه خطی از کتابخانه غرب همدان در مدرسه آخوند، کتابخانه ملی، کتابخانه سپهسالار، ملک و...
منتخب فضائل و مثالب از الاستیعاب، العلل ومعرفة الرجال، موضح أوهام الجمع والتفریق، مسند أبی داود الطیالسی، تذکرة الحفاظ و...
پیرامون مشروعیت بکاء بر میت
روات فضائل اهل بیت علیهم السلام
الآیات النازلة في أهل البیت علیهم السلام، با ذکر مصادر مهم و کهن در باب هر آیه
چند نسخه از مدرسه مروی
نسخ خطی کتابخانه اوقاف در حلب
منتخب فهرست میکروفیلم‌های دانشگاه تهران
منتخب فهرست مدرسه سپهسالار کتابخانه عمومی مراغه و کتابخانه آیت‌الله گلپایگانی و مدرسه علوی خوانسار
نسخ خطی کتابخانه ملافیروز در بمبئی
مخطوطات البلاد الهندیة از یادداشتهای شیخ عزیزالله عطاردی خبوشانی
نسخه‌های خطی کتابخانه مدرسة الحجازیین در قم، کتابخانه احمد ثالث و فیض الله افندی و ایاصوفیا
شرح حال بعضی از اعلام معاصرین
در باب وضع علم نحو توسط امیرالمؤمنین
مشایخ الصدوق في خاتمة المستدرك
معجم رجال أسانید مناقب أمیرالمؤمنین لابن المغازلي
استدراک طبقات از اجازات و قراءات نسخ
نسخ خطی چند کتابخانه شخصی و عمومی: شیخ محمد آخوندی، فرهنگ اصفهان، مدرسه سلیمان خان، مدرسه سلطانی کاشان، مسجد گوهرشاد، مدرسه نواب، کتابخانه آیت‌الله بروجردی در نجف، کتابخانه مرکزی دانشگاه تهران، شیخ علی کاشف الغطاء و...