فهرسته:
رسالة المولی العلامة جلال الدوانی فی اثبات الواجب؛ ثم حاشیة ملا داوود الهروی علی شرح العلامة قطب‌الدین الرازی للشمسیة وعلی حاشیة السید شریف؛ ثم حاشیة ملا جلال‌الدین علی الشرح المذکور؛ ثم رسالته المشتملة علی شرح رسالة العلامة خواجه نصیرالدین الطوسی فی تحقیق نفس الامر والسلم.

رسائل ملا جلال دوانی و ملا داود هروی به خط عالم فقیه مشهور شهید ثانی رحمهم الله تعالی علی ید مالکه الاحقر الافقر جلال‌الدین همایی غفر له.
تاریخ کتابت سنه 942 در موقعی است که کاتبش شهید ثانی رحمه الله سی و یک ساله بوده و حوالی 22 سال قبل از شهادت آن بزرگوار است. حقیر از خطوط دیگر شهید نیز دارم که زیارت آن را مایه توفیق و مزید نور بصر و بصیرت می‌دانم و خداوند کریم را سپاسگزارم که مرا این نسخ کرامت فرمود و هو الموفق. جلال‌الدین همایی.

بسمه تعالی
قد وصلت النوبة الی العبد الاحقر جلال همائی ولابدّ یوماً ان تردّ الودائع. ابتیاع شد در طهران به تاریخ 15 شهر صفر 1352 هجری قمری مطابق خرداد 1312 هجری شمسی. امضای همایی.

بسم الله الرحمن الرحیم

این نسخه نفیسه از نفایس کتب مهم خطی است که تاکنون به دست من افتاده است و چند روزی به عاریت با ماست. و مشتمل چهار رساله است که بعضی از آنها به چاپ نرسیده و بسیار مهم می‌باشد.
این چهار رساله عبارت است از:
اول: رساله محقق شهیر ملا جلال دوانی در اثبات واجب الوجود.
دوم: حاشیه ملا داود هروی بر شرح شمسیه قطب‌الدین رازی با نظر به حواشی میر سعید شریف جرجانی رحمة الله علیه.
سوم: حاشیه ملا جلال دوانی بر شرح شمسیه.
چهارم: رساله همان دوانی در شرح رساله علامه مشهور خواجه نصیرالدین طوسی رضوان الله علیه.
از این چهار نسخه رساله اول و آخر بسیار نادرالوجود است و دو تای دیگر چندان نادرالوجود نیست ولی روی هم رفته هر چهار نسخه به وضع حاضر هیچ مثل و نظیر ندارد؛ چه تمام آنها به خط فقیه عامل شهیر شیخ زین‌الدین بن علی بن احمد معروف به شهید ثانی است و علاوه بر پشت کتاب در آخر همه نسخ صریحاً امضاء شده است و واضح خوانده می‌شود و بالصراحه می‌نویسد که این نسخه‌‌ها را شهید ثانی برای خودش نوشته است. از آن جمله پشت همین ورق در آخر حاشیه ملا داود هروی این عبارت در کمال وضوح خوانده می‌شود که «علّقتها لنفسه العبد الفقیر الی عفو الله تعالی زین‌الدین بن علی بن احمد» و تاریخ کتابت رساله اول آخر ذی الحجه سال 942 هجری است و کتابت نسخه دوم روز شنبه 13 ذی الحجه 942 خاتمه یافته است. و نسخه سوم به اواخر شهر ذی الحجه 942 مورخ است و رساله چهارم تاریخ روز و ماه ندارد ولی سالش همان 942 هجری است. و محتمل است که این رساله هم در همان ماه ذی الحجه نوشته شده باشد. پس تاریخ کتابت همه نسخ سال 942 هجری قمری و کاتب آنها شهید ثانی است و محل کتابت شهر قاهره بوده است چنانکه در آخر بعضی نسخ به طور واضح نوشته شده است.
شهید ثانی علی المعروف در 13 شوال سال 911 متولد شده و در سال 965 وفات یافته است.
مؤلفان این رسائل از اعاظم علما و دانشمندان ایران بوده است و موضوع تألیف هم از موضوعات مهم علمی و کاتب از مشاهیر فقها و دانشمندان است. پس این نسخه از هر حیث در خور اهمیت و قدردانی است.
از خداوند توفیق مطالعه می‌طلبم. این نسخه را در طهران ابتیاع کردم به تاریخ پنجشنبه 15 صفر 1352 مطابق خرداد 1312 شمسی هجری. العبد الاحقر جلال همایی.

بسمه تعالی

قد وصلت النوبة بمنّ الله وتوفیقه الی العبد الاحقر جلال‌الدین الشهیر بالهمائی واشتریت هذه النسخة النفیسة المشتملة علی ثلث رسائل من مؤلفات المولی العلامة جلال‌الدین المحقق الدوانی رضی الله عنه ورسالة من تألیفات الفاضل النبیل ملا داود الهروی بخط مولانا العالم النحریر والفقیه الشهیر خرّیت الصناعة، الشیخ زین‌الدین بن علی بن احمد المعروف بالشهید الثانی قدّس الله روحه العزیز (911-965) فصارت بحمد الله من متملکاتی ولله ملک السموات والارض فی بلدة طهران صانها الله عن الحدثان یوم الخمیس خامس عشر شهر صفر سنة اثنین وخمسین وثلثمائة بعد الالف 1352 من الهجرة النبویة علی هاجرها السلام. العبد الاحقر جلال همایی.

الحمد لله وسلام علی عباده الذین اصطفی
وبعد فان الشیخ الصالح الفاضل التقی النقی خلاصة الاخیار، الشیخ محمد ولد المرحوم المبرور المقدس الشیخ جمال‌الدین احمد الشهیر بالولی ورد علینا وتشرفنا بصحبته برهة من الزمان وسمع عندنا شیئا من دروس الاحکام الشرعیة والتمس منا اجازة عامة مما یجوز لنا روایته؛ فامتثلت امره الشریف واجزته بجمیع ما یجوز لی روایته وکذلک بالاجازة فی العمل بما رقمه قلمی القاصر فی سلک التألیف واعتمد علیه رأیی من الفتوی فی الفروع الفقهیة اذا صح کذلک ذلک لدیه متبرئا من الغلط والتصحیف والخلل والتحریف. طالبا منه سلوک سبیل الاحتیاط والوقوف عند الشبهات واجرائی علی خاطره الشریف فی اوقات الدعوات واعقاب الصلوات تقبل الله تعالی عمله بمحمد وآله وکتب هذه الاحرف بیده الفانیة الفقیر الی عفو الله تعالی ومغفرته وکرمه زین‌الدین بن علی بن احمد الشامی العاملی عامله الله تعالی بلطفه وعفی عنه بمنه لیلة الثلثاء اواخر شهر رجب المرجب سنة سبع وخمسین وتسعمائة حامدا لله تعالی علی آلائه مصلیا علی اشرف رسله وسید انبیائه مسلما مستغفرا.

و اما علاقه او به نگارش شرح مزجی، هنگامی که دید عامه (اهل سنت) چنین شیوه‌ای دارند؛ حال آنکه اصحاب ما (اصحابنا) چنین روشی ندارند، حمیتش بر تشیع او را به انجام چنین کاری برانگیخت و شروحی به این شیوه نگاشت. فزونتر که چنین شیوه‌ای سودمندیهای ویژه خود را دارد.

«فرغ من تسویدها یوم الخمیس ثالث عشر من شهر صفر ختم بالخیر سنة تسع واربعین وتسعمائة من الهجرة الطاهرة وفرغ من هذه النسخة 10 ربیع الاول سنة 958 حامدا مصلیا مسلما» (137ر).

هو الله تعالی شأنه

قد اشتریت هذا الکتاب الشریف مع ان نسخته عندی متعددة موجودة لان حواشیه بخط الشیخ الشهید الثانی اعلی الله مقامه وهو شرح النفلیة و ... عندی بخط حسن و قابلته مع هذه النسخة و عندی المجلد الثانی للروضة بخطه رحمه الله و اعرف خطه فهذه الحواشی بخطه رحمه الله تحریراً فی 18 شهر ذیقعدة الحرام سنة 1322. قد اشتریته من جناب الملا علی میرزا المؤذن سلمه الله تعالی.

بسمه تعالی

صورت اجازه «شیخ علی» نواده «شهید ثانی» علیهما الرحمة مابین مجلّدین شرح لمعه که به خطوط او و جدش شهید ثانی مزین است و تاریخ اجازه هجدهم محرم الحرام سنه 1074 هجری قمری است و برای فرزندش «شیخ حسین» نوشته است. توضیحاً «شیخ علی بن محمد بن حسن ابن شهید ثانی» رحمهم الله صاحب کتابی است معروف به نام الدرّ المنثور و تولد وی حدود 1013 و وفاتش 1103 هجری است. وهذه صورة خطه رحمه الله:

بسم الله الرحمن الرحیم

الحمد لله کما هو اهله وصلی الله علی سیدنا محمد وآله. وبعد فقد اجزت لولدی الاعزّ حسین اعانه الله علی طاعته واجتناب معصیته وجمع له بین مرتبتی العلم والعمل ان یروی عنّی هذا الکتاب وجمیع ما اُجیز لی روایته من مؤلفات جدّی قدّس الله نفسه وغیرها من کتب الحدیث وغیرها من کتب العربیة والاصول واللغة وغیرها مما هو مفصّل فی کتاب الاجازات لجدّی المبرور الشیخ حسن قدس الله روحه وفی اجازات جدّی المبرور الشهید الثانی للشیخ حسین بن الشیخ عبدالصمد رحمه الله وغیره وطریقی الی جدّی المذکور انّی اروی عن شیخی الشیخ نجیب الدین والسید نورالدین رحمهما الله تعالی عن جدّی المحقق ابی منصور الحسن وعن السید الجلیل شمس الدین محمد بن ابی الحسن کلاهما عن عدّة، منهم الشیخ عزالدین الحسین بن عبدالصمد والسید نورالدین علی بن السید حسن بن ابی الحسن والسید نورالدین علی بن السید فخرالدین الهاشمی والشیخ احمد بن سلیمان العاملی والسید علی الشهیر بالصائغ بحق روایة الجمیع، عن جدی المرحوم المبرور الشهید الثانی، واروی عن الشیخ نجیب الدین عن الشیخ بهاء الملة والدین عن والده عن جدّی الشهید الثانی، وطرق جدّی مفصّلة فی الاجازات المذکورة فلیراجع هناک.
وبالجملة فقد اجزتُ لولدی المذکور ان یروی عنّی کتب الخاصة والعامة بالشروط المقررّة فی الاجازات من الاخذ بالاحتیاط والتوقف عند الشبهات والتثبّت وغیر ذلک وعلی هذا المنهج اجزتُ لکل من رزقه الله مرتبتی العلم والعمل من اولادی.
منّ الله علیّ وعلیهم بالتوفیق للعلم والعمل وحسن الخاتمة وکتبه بیده الجانیة الفانیة اقلّ العباد علی بن محمد بن الحسن بن زین‌الدین العاملی فی ثامن عشر شهر المحرم مفتتح شهور سنة اربع وسبعین بعد الالف حامداً مصلیاً مسلماً مستغفراً. انتهی.
عبارت ذیل هم ضمیمه اجازه منقول پشت صفحه است که به طور حاشیه نوشته شده است، به قلم همان شیخ علی شهیدی برای پسرش «شیخ حسین»:
وقد قرأ علیّ کتاب الشرایع والمختصر النافع وکتباً من العربیة والاصول والتصریف وغیر ذلک وسمع علیّ طرفاً من الحدیث وفّقه الله للجدّ والاجتهاد وطرق الخیر والسداد بمحمد وآله صلوات الله علیهم.
از روی خط «شیخ علی» نقل شد به تاریخ جمادی الاولی سنه 1381 قمری موافق آبان ماه 1340 شمسی هجری وانا العبد الاحقر جلال‌الدین همایی.

بسمه تعالی شأنه

صورت خط میرزا محمدباقر بن زین العابدین موسوی اصفهانی چهارسویی صاحب روضات پشت نسخه شرح لمعه که به خطوط شهید ثانی و نواده اش شیخ علی بن محمد بن حسن ابن شهید ثانی صاحب الدرّ المنثور متوفی 1103 متولد 1103 موشّح است و نوشته صاحب روضات مورخ است به ماه جمادی الاخره سنه 1258 قمری هجری.

بسم الله الرحمن الرحیم

الحمد لله الذی افاض من لباب سحائب فضله وافضاله، واجاد من جیاد جواهر جوده ونواله، وافاد من فرائد فوائد موائد حلاله، علی عبده المتعطّش الی زلال برّه بجلاله، والمتوقّع من فیوض یمین ربه الباری منتهی آماله فی جمیع احواله، والمتضرّع الیه من قبایح افعاله وشنائع اعماله وسیئات خصاله، هذا الکتاب المستطاب العادم لنظیره الفاقد لمثاله والمُسامی بالحقّ علی کافّة اشباهه وامثاله بمیامن نفایس خطوط الشارح الشهید علی اذیاله وسماعه قدّس الله روحه ایاه بتمامه وکماله ونهایة الدقة منه رحمه الله فی تهذیبه وقابله، ثم بمراجعة نافلته الشیخ علی بن الشیخ محمد طاب رمسهما له الی آخره ومآله، وآثار خطوطه الشریفة ایضاً فی بعض محالّه، فما انسبه قول الشاعر الماهر المبالغ فی مقاله
کتاب مستطاب لو یُقاس
بکنز التبر ما صحّ القیاس
متّعنا الله تعالی به وصیّره بحاله ووفقنا للتزوّد من کنوز عوائده وعصمنا من الخذلان فی تعطیله واهماله واعان من لم یخرجه من جارحة الاغتنام مهما ورث هذا العبد عن امواله واهان من لم یعرف قدره فبادر فی تضییعه واضلاله وبیعه ورهنه بل هبته واحلاله، وصلی الله علی ساداتنا الکرام محمد المصطفی وآله ولعن الغاصبین لحقوقهم الی یوم لقائه ووصاله. ثم الله تعالی یعلم ما ارتکبتُ من التعب والنَصَب فی تحصیله وانفقتُ من الفضّة والذهب فی سبیله فهو خصم من اذا ورد علیه مجانا فرّط فی امره واذا آل الیه زماناً ردّه الی غیره. وکان ذلک فی تاریخ الثلثاء السابع عشر من شهر جمادی الثانیة سنة ثمان وخمسین ومأتین بعد الف هجریة وانا الراجی عفو ربه الغنی القوی «محمدباقر بن زین‌العابدین الموسوی» صورت سجع آن مرحوم.
حرره العبد جلال‌الدین همایی فی شهر جمادی الاولی سنه 1381 و آبان ماه 1340 شمسی.

• سروده لطفعلی بیگ صدرالافاضل در وصف نسخه الروضة البهیة به خط شهید ثانی، دانشگاه تهران، ش 709 (فهرست کتابخانه اهدائی آقای سید محمد مشکوة به کتابخانه دانشگاه تهران، ج 5، ص 1910).
• ذکر این نکته ضروری است که دو نسخه دیگر در فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه ملی به خط شهید معرفی شده اما هر دو انتساب بدون تردید نادرست است. تمهید القواعد شماره 228/ع در قرن سیزدهم هجری روی کاغذهای فرنگی آبی کتابت شده و تاریخ کتابتش حتی نزدیک به زمان حیات شهید ثانی نیست (فهرست نسخ خطی کتابخانه ملی ایران، ج 7، ص 198-199). همچنین صلاة الجمعة شماره 4419/ع بدون تردید به خط شهید نیست و یک یا دو قرن بعد از او کتابت شده است (فهرست نسخ خطی کتابخانه ملی جمهوری اسلامی ایران، ج 19، ص 37).
  البته تشخیص نادرست و انتساب بی‌دلیل کتابت نسخه به شهید ثانی در فهرستهای مختلف بسیار بیشتر از این دو مورد است و برای آن می‌توان تعداد معتنابهی برشمرد. از جمله نسخه‌های ذیل که در فهرستهای گوناگون دستخط شهید ثانی دانسته شده‌اند اما به دلایل متعدد به خط او نیستند و فهرستنگاران انجامه مؤلف را به اشتباه قرینه و دلیل کتابت نسخه به خط مؤلف و اصل‌بودن آنها دانسته‌اند.
  مشهورتر از همه مجموعه‌ای است مشتمل بر چهار رساله (المسائل ابن‌طی و سه رساله تألیفات شهید شامل الحث علی صلاة الجمعة و اجوبة المسائل الثلاث و الحبوة) در کتابخانه آستانه حضرت عبدالعظیم شهرری (شماره 701) که با خطی شبیه به خط شهید ثانی کتابت شده تا جایی که در بررسی آن حتی کتابشناس برجسته‌ای چون محمد مشکات دچا ر اشتباه شده و در یادداشتی روی نسخه آن را به خط شهید دانسته است (فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه آستانه حضرت عبدالعظیم، ج 1، ص 22-23 و 231-232 و ج 2، ص 551-552 و 584-585 و 789-790؛ شهید ثانی پژوهشی در زندگی کارنامه علمی و روزگار او، ص 586-587).
  همچنین این رساله‌ها به قرائنی که در توصیف نسخه‌ها ذکر شده بسیار دور از ذهن است که به خط شهید باشند:
  رساله‌های حبوه و ارث در کتابخانه آستانه شاهچراغ شیراز، ش 2066 (فهرست کتب خطی کتابخانه حضرت شاهچراغ، ج 2، ص 177-180 که رساله‌های دیگرش در 1077 و 1095ق نوشته شده و رساله‌های احتمال داده شده به خط شهید نیز متقدم بر آن تاریخ نیست)؛ تمهید القواعد، کتابخانه ملی فارس، ش 4/651 (فهرست کتب خطی کتابخانه ملی فارس، ج 2، ص 235-236)؛ الروضة البهیة در همان کتابخانه، ش 744 (همانجا، ص 78-80)؛ مسالک الافهام در کتابخانه ملی تبریز، ش 3349 (فهرست کتابخانه ملی تبریز، ج 1، ص 404-405)؛ الروضة البهیة در کتابخانه دکتر مهدی محقق، ش 103 (فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه دکتر مهدی محقق، ص 82)؛ الروضة البهیة در خزانه آل سنوی در بغداد، ش 161/39/5714 (مجله المورد، المجلد الاول، العددان 3-4، 1392ق، ص 213 که نوشته نسخه مزین است و جدول‌کشی زرین دارد)؛ کشف الریبة در کتابخانه قادریه بغداد، ش 715 (الآثار الخطیة فی المکتبة القادریة، ج 3، ص 71)؛ روض الجنان فی شرح ارشاد الاذهان و الروضة البهیة در مؤسسه کاشف‌الغطاء نجف (دلیل مخطوطات مؤسسة کاشف الغطاء العامة، ج 1، ص 217-218)؛ الروضة البهیة در کتابخانه حرم حضرت اباالفضل کربلا (مخطوطات کربلاء، ص 331).
  پس از این توضیحات، شایسته است به نسخه‌هایی از تألیفات خود شهید که با اطمینان خاطر می‌توانیم آنها را به خط شهید بدانیم، اشاره کنیم:
  1. روض الجنان فی شرح ارشاد الاذهان، جمعه 25 ذیقعده 949ق، شامل طهارت و صلات، کتابخانه آستان قدس رضوی، ش 2770. رک: فهرست کتب خطی کتابخانه مرکزی آستان قدس رضوی، ج 5، ص 537 و تصویر دو صفحه از آن در انتهای فهرست.
  2. الروضة البهیة فی شرح اللمعة الدمشقیة، شب شنبه 21 جمادی الاول 957ق، جلد دوم کتاب شامل اقرار تا دیات، کتابخانه مرکزی دانشگاه تهران، ش 709. رک: فهرست کتابخانه اهدائی آقای سید محمد مشکوة به کتابخانه دانشگاه تهران، ج 5، ص 1908-1914.
  3. مجموعه هفت رساله از تألیفات او بدین ترتیب: اجوبة المسائل النجفیة، الحدث فی اثناء الغسل، نتایج الافکار فی حکم المقیمین فی الاسفار، طلاق الغائب عن زوجته، الحبوة، ارث الزوجة، کشف الریبة عن احکام الغیبة، 958ق، بنا بر فهرست رسائلی که در ابتدای این نسخه نوشته شده، مجموعه در اصل شامل هشت رساله بوده و در پایان بعد از رساله کشف الریبة، مناسک حج آمده بوده است. رساله مناسک حج اکنون مفقود شده و زمان این فقدان مشخص نیست. تنها از یادداشت صدرالافاضل در شعبان 1320ق در ابتدای نسخه بر می‌آید که در آن زمان نیز نسخه شامل هفت رساله بوده و افتادگی مربوط به قبل از این تاریخ است. کتابخانه آیت الله مرعشی، ش 12752. رک: فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه بزرگ حضرت آیة الله العظمی مرعشی نجفی، ج 32، ص 407-413 و 1110-1113. این نسخه پیشتر در اختیار فخرالدین نصیری بوده و او تصاویری از آن را در دو کتابش گنجینه خطوط علما و دانشمندان، ج 1، ص 501 و لمعة النور والضیاء فی ترجمة السید ابی الرضاء، ص 148-151 منتشر کرده است (تصویر این نسخه به لطف جناب آقای رضا مختاری به دست من رسید).
  4. مجموعه دو رساله (الفوائد الملیة بشرح الرسالة النفلیة و التنبیهات العلیة علی وظائف الصلوة القلبیة). بعد از 955ق، کتابخانه مجلس، شماره 8172. رک: فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه مجلس شورای اسلامی، ج 1/27، ص 315-317.
  5. مسالک الافهام فی شرح شرائع الاسلام، شامل کتاب قضا به بعد، بخشهای نونویس به خط شیخ علی کبیر نواده شهید است. کتابخانه آیت الله مرعشی، ش 12470. رک: فهرست نسخه‌های خطی بزرگ حضرت آیة الله العظمی مرعشی نجفی، ج 31، ص 486 و 887-888.
  محمدعلی (لطفعلی بیگ) بن محمدکاظم تبریزی، صدرالافاضل (1268-1350ق) جهت سهولت قرائتِ خطِ شهید، مفتاحی برای آن تنظیم کرده که تصویر آن در گنجینه خطوط علما و دانشمندان، ج 1، ص 19-25 منتشر شده است. این مفتاح بر مبنای مجموعه هفت رساله شهید تنظیم شده که زمانی در تملک صدرالافاضل بود. یک صفحه از این مفتاح هم در مقدمه دیوان صدرالافاضل نصیری امینی، ص بیست و شش منتشر شده است.
  این فهرست به جز انهاها و بلاغها و اجازاتی است که در حاشیه یا پایان نسخه‌ها به خط شهید نوشته شده و ذکر همه آنها درازدامن می‌شود.
• منیة المرید فی ادب المفید والمستفید، ص 342.
• به دلایلی از جمله تاراج کتابخانه به دست دشمنان شهید در زمان حیاتش، نقل و انتقال کتابها و پنهان‌کردن آنها زیر خاک، و سوزاندن حدود هزار مجلد از آنها به دست اهل بغی در جبل عامل زمانی که شیخ علی کبیر هفت یا هشت سال داشت (حدود 1025ق). رک: بحار الانوار، ج 106، ص 74؛ الدر المنثور من المأثور وغیر المأثور، ج 2، ص 667 و 703 و 705-706.
• الدر المنثور من المأثور وغیر المأثور، ج 2، ص 667. ظاهراً این آمار مربوط به نسخه‌هایی است که پس از انتقال به ایران در اختیار شیخ علی کبیر قرار گرفت. به همین دلیل است که بعضی از نسخه‌هایی که دستخط و تملک او را دارند زمانی متعلق به شهید بودند. نواده شهید به گفته خودش بر حفظ و حراست از باقیمانده کتابهای خاندانی‌اش حریص و مصرّ بود (همان جا، ص 703). برای نمونه جلد هفتم مسالک الافهام (شامل کتاب قضا به بعد) به خط مؤلف را می‌توان نمونه آورد که اکنون در کتابخانه مرعشی (شماره 12470) نگهداری می‌شود. برگهای آغازین وانجامین این نسخه به مرور زمان از بین رفته و بخش باقیمانده هم رطوبت دیده است. هنگامی که این نسخه به دست شیخ علی کبیر رسید، او به خط خود برگهای ناقص نسخه را استنساخ و به آن الصاق کرد و نسخه را جانی دوباره بخشید (27 برگ اول و 11 برگ آخر. متأسفانه نسخه بعدتر دوباره صدمه دید و بار دیگر از انجام ناقص شد). شیخ علی کبیر در صفحه عنوان اشاره کرده که کتاب در تملکش قرار دارد و بخشهای نونویس به خط اوست: «کتبه الفقیر الی الله تعالی علی بن محمد بن الحسن بن مصنفه» (رؤیت نسخه).
  میرزا عبدالله افندی (ح 1130ق) نسخه اصل سه کتاب شهید، مسالک الافهام و الروضة البهیة و کتاب الدرایة همراه با فوائد دیگر ضمن یک مجموعه، را به خط خودش نزد فرزندان شیخ علی کبیر دیده بود. رک: الفوائد الطریفة، ص 276-277.
• درباره ابن‌عودی و اهمیت کتابش رک: «ابن العودی و کتاب بغیة المرید»، محمدکاظم رحمتی، میراث شهاب، زمستان 1392، ش 74، ص 91-116.
• الدر المنثورمن المأثور وغیر المأثور، ج 2، ص 613.
• منیة المرید فی ادب المفید والمستفید، ص 337-362.
• برای یادداشتهای شهید روی نسخه خودش رک: بحار الانوار، ج 108، ص 133-135. آنچه به عنوان نسخه شهید ثانی در بعضی از منابع و فهرستها معرفی شده در حقیقت رونویسی از نسخه اوست که در سده یازدهم هجری تحریر و با نسخه شهید مقابله و تصحیح شده است. برای شرح بیشتر این نکته رک: الصحیفة السجادیة الکاملة، نسخه برگردان دستخط ابراهیم بن علی کفعمی مورخ سنه 867 هجری قمری، با مقدمه سید محمدحسین حکیم، تهران، بنیاد محقق طباطبایی و سازمان اسناد و کتابخانه ملی جمهوری اسلامی ایران، 1394، ص 55.
• بحار الانوار، ج 108، ص 135-136.
• حسن بن علی بن عبدالنبی قطیفی خطی طائی در 966ق نسخه شهید را در اختیار داشت و رونویسی از آن همراه با نقل تمامی یادداشتهایش برای ملا عبدالله شوشتری، استادش، تهیه کرد. برای مشخصات نسخه و متن یادداشتها رک: فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه مرکزی دانشگاه تهران، ج 15، ص 4230-4232.
• شهید در شرح حال خودنوشت خود رؤیای جالبی را درباره استنساخ کتاب کافی نقل کرده است. او در راه بازگشت از استانبول به عراق در شب دوشنبه 5 روز باقیمانده از ماه شعبان 952ق در شهر سیواس کلینی را در خواب دید و از او درخواست کرد نسخه اصل کتاب کافی را برای رونویسی در اختیارش بگذارد. کلینی نیز نسخه‌ای را می‌آورد که به قطع نصف ورق شامی با خط زیبای مشکول مصحح نوشته و سرفصلهایش طلانویسی شده بود. زیبایی نسخه به حدی بود که شهید در شگفت شد نسخه اصل خط مؤلف به این کیفیت نوشته شده باشد چه پیشتر گرفتار نسخه‌های بدخط کتاب کافی شده بود. کلینی نیز از کوتاهی کاتبان و بدنویسی آنها گله کرد. آن گاه به جستجوی خود ادامه داد تا چهار مجلد اصل کتاب کافی پیدا شد. این تفصیل در ذکر خواب و بیان خصوصیات نسخه‌ها بیانگر علاقه شهید و تبحر او در شناخت کتاب است. رک: الدر المنثور من المأثور وغیر المأثور، ج 2، ص 640-641.
• مانند نسخه شماره 268 کتابخانه آیت الله مرعشی که بلاغ مقابله شهید را در اوائل جمادی الآخر 954ق دارد. رک: فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه آیت الله مرعشی نجفی، ج 1، ص 299. و نیز این نسخه‌ها که با نسخه او مقابله و تصحیح شده و بعضی از آنها صورت انها و بلاغ شهید را هم نقل کرده‌اند: شماره 16820 و 25288 و 25783 کتابخانه آستان قدس، ش 6649 و 10519 دانشگاه تهران، شماره 57 – ب دانشکده حقوق تهران، شماره 43 دانشکده الهیات تهران، شماره 6657 کتابخانه گلپایگانی، شماره 5311 کتابخانه مرعشی، شماره 714 کتابخانه ملی، شماره 1312 کتابخانه مجلس به خط شیخ حر عاملی که اشاره کرده این نسخه با صحیحترین نسخه کافی که همان نسخه تصحیح‌شده شهید ثانی باشد، مقابله شده است.
• نسخه اصل مجموعه ابن‌قاسم عیناثی در کتابخانه گلپایگانی قم نگهداری می‌شود. رک: فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه آیت‌الله العظمی گلپایگانی، ج 7، ص 3943-3944 و 4585-4586 و 4593 و ج 6، ص 3340 و ج 2، ص 568-569.
• بحار الانوار، ج 72، ص 366 (ووجدت فی کرّاس بخط الشهید الثانی). شیخ حسن صاحب معالم الاصول نیز ضمن اجازه کبیره خود بخشی از اجازه ابن‌طولون به پدرش را از یکی از مجموعه‌های او نقل کرده است. رک: همان جا، ج 106، ص 74-78.
• این دو کتاب پیشتر در یک مجلد بوده‌اند و اندازه اوراق و تعداد سطرها و نوع کاغذ هر دو کتاب مؤید این مطلب است اما بعداً آنها را از هم جدا کردند و اکنون به صورت دو پاره به شماره‌های 1816 و 1817 در کتابخانه مرکزی دانشگاه تهران نگهداری می‌شود. رک: فهرست کتابخانه مرکزی دانشگاه تهران، ج 8، ص 408-411. تصویری از انجامه رساله دوم در ریحانة الادب، ج 3، ص 281 منتشر شده است.
• الدر المنثور من المأثور وغیر المأثور، ج 2، ص 622-623.
• همان جا، ج 2، ص 628.
• برای اسامی اساتید و کتابهایی که شهید در مصر خواند رک: همان، ص 623-628.
• همان، ص 653.
• بنا بر شرح حال خودنوشت شهید او در قاهره این کتاب را نزد ملا حسین جرجانی به درس خوانده بود (الدر المأثور من المأثور وغیر المأثور‌، ج 2، ص 624). با توجه به کتابت این نسخه به دست حسین بن عبدالصمد، نمی‌توان فرض کرد شهید و او هر دو در این درس حاضر می‌شده‌اند؟
• کتابخانه مجلس سنا، شماره 211. این نسخه بعداً در تملک شیخ بهایی قرار گرفت و او نیز نسخه را وقف کرد. رک: فهرست کتابهای خطی کتابخانه مجلس سنا، ج 1، ص 98.
• کتابخانه شهید دستغیب شیراز، شماره 370. رک: فهرست کتب خطی کتابخانه ملی فارس، ج 1، ص 347- 350 (بدون ذکر نام کاتب نسخه)؛ فهرست نسخه‌های عکسی مرکز احیاء میراث اسلامی، ج 5، ص 80-83 (در هر دو فهرست شهید ثانی به اشتباه مؤلف ربع المجیب دانسته شده است)؛ شهید ثانی پژوهشی در زندگی کارنامه علمی و روزگار او، ص 710 (تصویر دو رساله آخر این نسخه به لطف محمدکاظم رحمتی به دست من رسید).
• کشف الظنون، ج 2، ص 1063.
• الدر المأثور من المأثور وغیر المأثور‌، ج 2، ص 624.
• طلّوسه روستایی در جبل عامل که جدّ شهید اهل آن جا بود.
• مقایسه کنید با منیة المرید فی ادب المفید والمستفید، ص 353.
• همان، ص 361-362.
• مانند روایتی از امام صادق (ع) به نقل از خط شهید اول در صفحه عنوان و تاریخ تولد و درگذشت تنی چند از علمای جبل عامل بین دو رساله (برگ 120پ) نسخه شماره 8172 کتابخانه مجلس (تصویر صفحه اخیر در فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه مجلس شورای اسلامی، ج 1/27، ص 560 منتشر شده است) و نقل گفته‌ای از سید مرتضی و رد آن در آغاز مجموعه 12752 کتابخانه مرعشی.
• جالب است بدانیم برای نسخه شرایع الاسلام کتابخانه مسجد گوهرشاد مشهد (شماره 876) اتفاقی برعکس افتاده است. ورق آخر آن نسخه شامل صورت اجازه شهید ثانی بوده که از نسخه سرقت شده است. رک: فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه جامع گوهرشاد مشهد، ج 3، ص 1181-1182.
• برای متن آن رک: رسائل الشهید الثانی، ج 2، ص 1148-1150.
• به نوشته ابن‌عودی در بغیة المرید سال 955 پایان روزگار امنیت و آسایش شهید و آغاز هنگامه خطر و بلایای او بود. الدر المنثور من المأثور وغیر المأثور، ج 2، ص 645.
• شهید در پایان کتاب این گونه نوشته است: «وفرغ من تسويده مؤلفه الفقير إلى عفو الله ورحمته ... على ضيق المجال، وتراكم الأهوال الموجبة لتشويش البال خاتمة ليلة السبت وهي الحادية والعشرون من شهر جمادى الأولى سنة سبع وخمسين وتسعمائة من الهجرة النبوية حامدا مصليا». الروضة البهیة فی شرح اللمعة الدمشقیة، ج 10، ص 329.
  نسخه اصل دستخط شهید از بخش آخر الروضة البهیة (شامل کتاب اقرار تا دیات) جزو مجموعه اهدایی سید محمد مشکات به کتابخانه مرکزی دانشگاه تهران (ش 709) است و همین انجامه را در آخرش دارد. رک: فهرست کتابخانه اهدائی آقای سید محمد مشکوة به کتابخانه دانشگاه تهران، ج 5، ص 1908- 1914.
• زمان سفر محمود لاهیجانی به جبل عامل دقیقاٌ مشخص نیست اما او در غره رجب 953ق رونویسی از اجازه بلند شهید به حسین بن عبدالصمد عاملی تهیه کرد و شهید نیز در نوشته‌ای همان اجازه را به وی داد (بحار الانوار، ج 105، ص 172). این اجازه نشان می‌دهد لاهیجانی در آن تاریخ به مراتب مهم علمی رسیده بوده است.
• او تنها کتاب الرعایة فی علم الدرایة شهید را بر او خواند اما اجازه‌ای عام از او گرفت. رک: رسائل الشهید الثانی، ج 2، ص 1157-1158.
• از بعضی نقلهای شهید ثانی بر می‌آید که او نسخه اصل رساله نفلیه به خط مؤلف را در اختیار داشته است؛ مانند تکرار عبارت «کذا بخط المصنف» در چند جای متن. رک: الفوائد الملیة فی شرح النفلیة، ص 69، 85، 92، 125، 126، 206، 226.
• برای نوشته شهید درباره خصوصیات کتابتی مسوده‌های مصنفان رک: منیة المرید فی ادب المفید والمستفید، ص 349.
• فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه مجلس شورای اسلامی، ج 1/27، ص 315-317.
• الدر المنثور من المأثور وغیر المأثور، ج 2، ص 645.
• الدر المنثور من المأثور وغیر المأثور، ج 2، ص 647. همچنین رک: متون و پژوهشهای تاریخی (مقالاتی درباره تاریخ اسلام و تشیع)، ص 25-26. برای توصیه‌های خود شهید ثانی درباره مزجی‌‌نویسی رک: منیة المرید فی ادب المفید والمستفید، ص 362.
• تاریخ پنجشنبه 15 صفر 955ق هم که در نسخه چاپی ذکر شده نقل خطای کاتبان است و در بقیه نسخه‌های کتاب تاریخ ختم تألیف به همان صورت درستی که گفته شد، ثبت شده است. رک: چاپ دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم، 1378ش، ص 328.
• الدر المنثور من المأثور وغیر المأثور، ج 2، ص 667.
  به سرعت شهید در تحریر و استنساخ، در روایت جعلی و خدشه‌دار منقول شیخ حر عاملی در مورد شهادت شهید ثانی نیز اشارتی شده است. در آن جا گفته شده شهید در ایام نگارش الروضة البهیة معمولا روزی یک کراسه از کتاب خود را می‌نوشت به طوری که تألیف آن را در شش ماه و شش روز به انجام رسانید. برای این روایت و نقد و بررسی آن رک: شهید ثانی: پژوهشی در زندگی کارنامه علمی و روزگار او، ص 230 و 235 و به طور کلی ص 229-244؛ شناخت‌نامه شهیدین: محمد بن مکی عاملی و زین‌الدین بن علی عاملی، ص 470-472.
• برای مشخصات و تصاویری از این نسخه رک: فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه بزرگ حضرت آیة الله العظمی مرعشی نجفی، ج 32، ص 407-413 و 1110-1113.
• در فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه بزرگ حضرت آیة الله العظمی مرعشی نجفی، ج 32، ص 407-413 به اشتباه تاریخ تألیف هر رساله را به عنوان تاریخ کتابت آن در نظر گرفته‌اند.
• آن گونه که در فهرست کتابخانه نسخه‌های خطی کتابخانه مجلس شورای اسلامی، ج 1/27، ص 316 نوشته‌اند.
• همان جا.
• به همین دلیل درباره انتساب خط مجموعه آستانه حضرت عبدالعظیم هم نمی‌توان به صرف تقدم و تأخر رساله‌ها و ناسازگاری آنها با زمان تألیف و تغییر آرای شهید قضاوت کرد (شهید ثانی: پژوهشی در زندگی کارنامه علمی و روزگار او، ص 586-587 و 726). تنها مقایسه آن نسخه با دستخطهای مسلّم شهید برای نشان‌دادن عدم انتسابش به شهید کافی است.
• کتابخانه مرعشی، ش 3/1126. فهرست نسخه‌های کتابخانه آیت الله العظمی مرعشی نجفی، ج 3، ص 298-299 و تصویر آن در انتهای کتاب؛ رسائل الشهید الثانی، ج 2، ص 1169.
• برای شرح حال و فهرست آثار او رک: تراجم الرجال، ج 4، ص 52-54؛ نقباء البشر، ج 5، ص 2826-2827؛ معجم طبقات المتکلمین، ج 5، ص 514-515؛ مکارم الآثار، ج 4، ص 1379-1380؛ مقدمه روح الاسلام والایمان فی معرفة الامام وتفضیله علی القرآن، ص 26-28.و همچنین برای شرح حال خودنوشتش رک: گنجینه خطوط علما و دانشمندان، ج 1، ص 911-912؛ علامه محدث نوری، ص 31-47.
• روح الاسلام والایمان فی معرفة الامام وتفضیله علی القرآن، ص 117
• برای تعداد کمی از نسخه‌های در تملک او رک: فنخا، ج 44، ص 1188.
• امل الآمل، ج 1، ص 184 (ذیل نام السید محمد بن ناصرالدین العاملی الکرکی).
• فهرست دستنویس سید عبدالعزیز طباطبایی از نسخه‌های این کتابخانه.
• توجه به بلاغهای مقابله شهید در فهرستنویسی مغفول مانده است. همچنین در هر دو ویرایش فهرست تاریخ کتابت به اشتباه 757 قید شده است. فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه مجلس شورای اسلامی، ج 4، ص 141-142 ویرایش اول و ص 183 و 429 ویرایش دوم.
• فهرست نسخه‌های خطی مرکز احیاء میراث اسلامی، ج 4، ص 260-262. این نسخه پیشتر در کتابخانه خاندان نورالدین هاشمی در شیراز نگهداری می‌شد. نشریه نسخه‌های خطی، ج 5، ص 287.
• فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه وزیری یزد، ج 1، ص 40.
• فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه‌های رشت و همدان، ج 3، ص 1335.
• فهرست کتابهای خطی کتابخانه ملی ملک، ج 1، ص 184.
• فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه‌های قائن، ص 44.
• فهرست نسخه‌های خطی اهدایی حضرت آیة الله العظمی خامنه‌ای، ج 2، ص 226.
• فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه عمومی حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی، ج 19، ص 253.
• همان، ج 20، ص 250.
• فهرست کتابهای خطی کتابخانه ملی ملک، ج 1، ص 559-560.
• تکملة طبقات اعلام الشیعة، ص274؛ مقدمه قرب الاسناد، تحقیق و نشر مؤسسة آل البیت علیهم السلام لاحیاء التراث، قم، 1413ق، ص 28 و 31-33.
• رؤیت نسخه؛ فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه عمومی حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی، ج 24، ص 166-167.
• همان، ج 10، ص 198-199.
• فهرست کتابهای خطی کتابخانه ملی ملک، ج 1، ص 36.
• «المخطوطات العربیة فی العراق»، ص 240 (در آنجا تاریخ کتابت به اشتباه 782ق قید شده است).
• فهرست دستنویس سید عبدالعزیز طباطبایی از نسخه‌های این کتابخانه؛ طبقات اعلام الشیعة، قرن دهم، ص 227.
• او تنها کتاب تجارت و کتاب نکاح و بخشی از کتاب طلاق نسخه را نوشته و اصل نسخه در 991-992ق به خط فخرالدین احمد بن محمد شیرازی نوشته شده است. فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه مرکزی و مرکز اسناد دانشگاه تهران، ج 19، ص 708-709.
• برای اطمینان این نسخه را با دیگر نسخه‌های خط او سنجیدم و کاملا آن را مطابق دیگر خطوطش دیدم. در پایان نسخه طغرای شیخ بهایی آمده که در اصالت آن تردید دارم و احتمالا بعدا به نسخه افزوده شده است. فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه مجلس شورای اسلامی، ج 42، ص 219-220.
• حدس می‌زنم با بررسی دقیق بقیه نسخه‌هایی که تا زمان درگذشت شهید ثانی (965ق) کتابت شده، به نسخه‌های دیگری بر بخوریم که احمد بن محمد حلی آنها را نزد شهید خوانده باشد.
• برای معرفی مفصل این نسخه و همچنین درباره شخصیت او رک: «نمونه‌ای موردی از تقیه عالمی امامی در دمشق قرن دهم با ادعای پیروی از مذهب فقهی شافعی»، دون استوارت، ترجمه محمدکاظم رحمتی، میراث شهاب، ش 86، زمستان 1395ش، ص 95-124.
• «شرحی درباره نسخه الروضة البهیة فی شرح اللمعة الدمشقیة کتابت شده در زمان حیات شهید ثانی با یادداشتهای او»، نوشته جلال‌الدین همایی، به اهتمام رسول جعفریان، در جشن نامه آیت الله ابراهیم امینی، رسول جعفریان، قم، نشر مورخ، 1394ش، ص 965-978.
• برای شرح حال او (1056-1078ق) به قلم پدرش رک: الدر المأثور من المأثور وغیر المأثور، ج 2، ص 710-714. در همین شرح حال علی کبیر اشاره کرده است که فرزندش شرح لمعه را نزد او خوانده است (ص 712).