بنیاد محقق طباطبائی، نهادی است علمی و پژوهشی، که بر اساس میراث علمی مرحوم علامه محقق، استاد سید عبدالعزیز طباطبائی یزدی قدس سره بنیانگذاری شده است. محور فعالیت‌های این بنیاد، احیاء متون شیعی و آثار کهن مرتبط با میراث معرفتی اهل بیت علیهم السلام است و می‌کوشد تا با همراهی محققانِ زبدۀ این عرصه، حرکتی مستمر و پویا و منطبق با موازین علمی و سنتِ عالمانِ شیعه در احیاءِ متون و نشر معارف اسلامی داشته باشد.
این بنیاد، از سال هزار و سیصد و نود هجری شمسی، در قم تأسیس شد و انتشار آثار محقق طباطبائی را در اولویت کار خود قرار داد. همزمان، با استفاده از امکانات پژوهشی و ارتباطاتی که با محققان حوزۀ تشیع داشت، پروژه‌های علمی و پژوهشیِ منطبق با اهداف خود را، با برنامه‌ریزی و سنجشِ اولویت‌ها، در دستور کار خود قرار داد.
این بنیاد، نهادی علمی و حوزوی است و بالندگیِ حرکت خود را، از اصول حاکم بر مسیرِ عالمان حوزه‌های علمیه در جهان تشیع می‌گیرد. این بنیاد، از همۀ محققان و دانشوران حوزه و دانشگاه، که در تلاش برای شناخت منابع اصیل اسلامی، تاریخ جوامع شیعی و تبیین معارف پیامبر اکرم و اهل بیت علیهم السلام، با الگویی روشمند و بنا بر اصول علمی قلم می‌زنند، دعوت می‌کند تا با همکاری و همفکری با این بنیاد، بر همگراییِ نخبگان این عرصه بیفزایند.

کتابخانه
محقق طباطبائى داراى كتابخانۀ بسیار نفیس و كم‌نظیرى بود كه محصول یک عمر تلاش و پژوهشِ پیگیرِ ایشان در زمینۀ میراث مكتوب اسلامى، شناخت نسخ خطی و متون کهن اسلامی خاصه دربارۀ اهل بیت علیهم السلام بود. تعدادى از كتاب‌هاى این كتابخانه، نایاب و برخى دیگر كمیاب بوده و بدین جهت توجه بسیارى از محققان و پژوهشگران این علوم را به خود جلب كرده بود.
با توجه به ویژگىِ اخلاقىِ محقق طباطبائى، اخلاص و علاقۀ ایشان به اهل بیت علیهم السلام و استقبال بى‌وقفۀ وى از محققان و كمک و راهنمایى آنان، درِ كتابخانۀ شخصىِ وى، شبانه‌روز براى محققان و طالبان علم باز بود و بسیارى از آنان از این كتابخانه بهره فراوانى بردند.
یكى از مؤسساتى كه بیشترین ارتباط علمى را با محقق طباطبائى داشت، مؤسسۀ آل البیت علیهم السلام در قم بود. ایشان نسبت به این مؤسسه اهمیت و ارزش خاصى قائل بودند، و از هنگام تأسیس آن، با توجه به ارتباط دیرینه‌اى كه بین ایشان و خاندان شهرستانى خصوصاً مدیر محترم آن مؤسسه، حجة الإسلام والمسلمین سید جواد شهرستانى برقرار بود، همكارى‌هاى فراوانى با آن مؤسسه داشتند و از هیچ كوششى در راستاى فعالیت آن مؤسسه و احیاى فرهنگ مكتوب شیعه که محور کار آن مؤسسه بود، دریغ نمى‌ورزیدند.
از این روى، پس از فوت مرحوم محقق طباطبائى، بنا بر ویژگى‌هاى كتابخانۀ شخصى ایشان و توجه علاقمندان اهل قلم به مراجعه به این كتابها، جناب آقاى شهرستانى به پاس خدمات علمى محقق طباطبائى و توجه آن مرحوم به گسترش كتابخانه‌هاى تخصصى و مراكز و مؤسسات تحقیقاتى، محل مناسبى براى كتابخانه در مركز شهر قم در نظر گرفته و كتابخانۀ عمومى تخصصى در زمینه كتابشناسى و پژوهش‌هاى نسخ خطى و تراجم و رجال، با عنوان «كتابخانۀ محقق طباطبائى» بنیاد نهادند. این كتابخانه، از سال ۱۳۷۵ هجرى شمسى، فعالیت رسمى خود را آغاز كرد و تا كنون، توانسته است با در اختیار گذاشتن منابع تحقیقاتى در اختیار پژوهشگران و مراجعه‌كنندگان در سطوح مختلف، گام مؤثری در راستاى اهداف مرحوم محقق طباطبائى بردارد.

بخش‌های کتابخانه
الف ـ مخزن كتابهاى چاپى:
كتابخانۀ محقق طباطبائى داراى بیش از بیست هزار جلد كتاب چاپى، بیشتر به زبان عربى و فارسى، در زمینه‌هاى مختلف علوم، مانند علوم قرآن و تفسیر، تاریخ، تراجم و رجال، حدیث، فقه، اصول، ادبیات، كتابشناسى و فهارس نسخ خطى است.
بخش عمده‌اى از این كتابها آن كتابهایى است كه در زمینۀ تخصصى محقق طباطبائى بوده و منابع آثار ایشان را تشكیل می‌دهند، یعنى كتابشناسى و تراجم و حدیث.
خصوصیات این كتابها، كه سبب شده است این كتابخانه را از كتابخانه‌هاى كوچک و بزرگ دیگر ممتاز كند و اعتبار علمى كتابخانه را افزایش دهند از این قرار است: ۱ـ محل نشر و چاپ بسیارى از آنها در كشورهاى خارجى مانند لبنان، سوریه، عربستان، مصر، یمن، تركیه، هند، آلمان و... می‌باشد که محقق طباطبائی در سفرهای خود گرد آورده بود. ۲ـ تاریخ چاپ تعداد زیادى از آنها قدیم و از این رو كمیاب می‌باشند. ۳ـ بیشتر كتابهاى حدیثى، رجالى، فهارس نسخ خطى و كتابشناسى‌ها، لبریز از حواشى و تعلیقات دقیق و سودمند آن مرحوم مى‌باشند. همچنین، ایشان فهرست‌گونه‌اى از مطالب عمده و قابل تأمل دربارۀ تاریخ اسلام و تشیع و معصومین سلام الله علیهم را در برگ اول هر كتاب یادداشت نموده است تا پژوهشگران تاریخ تشیع بتوانند به آسانى از آن بهره گیرند.
از مجموعه‌های مهم در کتب چاپی کتابخانه، فهارس نسخ خطی کتابخانه‌های جهان است که به همت محقق طباطبائی تهیه شده است و مجموعه‌ای ارزشمند است، کتابهای چاپ عکسی، مباحث مربوط به نسخ خطی و کتابشناسی‌ها نیز از مجموعه‌های قابل توجه این مخزن است.
کتابهای مخزن چاپی، به ترتیب رده کنگره چیده شده است و فهرست دقیق این کتابها توسط فهرستنگار محترم سرکار خانم کبری یارمحمدی انجام شده که در این سایت عرضه شده و قابل جستجو است.
ب ـ کتب چاپ سنگی:
کتاب‌های چاپ سنگی این کتابخانه شامل کتاب‌هایی است که از مجموعۀ محقق طباطبائی و مجموعۀ مرحوم شیخ محمدحسین قاضی و برخی کتابهای خریداری شده توسط بنیاد تشکیل شده است و فهرست آن به زودی از سوی بنیاد محقق طباطبائی منتشر خواهد شد.
ج ـ نشریات:
بخش نشریات، یکی از بخش‌های غنی این کتابخانه است. این مجموعه شامل 331 عنوان و 4010 شماره نشریه است که برخی نشریات کهن و کمیاب را نیز در خود جای داده است.
د ـ بخش نسخ عكسى و میکروفیلم‌ها:
محقق طباطبائى در طى سفرهاى خود در راستاى احیاى متون كهن اسلامى، به اقصى نقاط جهان، از جمله سفرهاى متعدد به تركیه، سوریه، عربستان، انگلستان، آمریكا و... از كتابخانه‌هایى همچون: كتابخانه احمد ثالث، ایاصوفیا، لاله‌لى، كوپریلى، فیض الله افندى، ولى‌الدین جارالله و قلیچ على پاشا در تركیه، كتابخانه‌هاى موزه بریتانیا و بادلیان آكسفورد و موزه هند در انگلستان، كتابخانه ظاهریه و کتابخانه ملی در دمشق، كتابخانه عارف حکمت و حرم مکی و دانشگاه ریاض در حجاز، كتابخانه بلدیه اسكندریه در مصر، كتابخانه جامع كبیر صنعاء در یمن، كتابخانه چستربیتى در ایرلند، كتابخانه ملى پاریس، كتابخانه فاطریه لكهنو، كتابخانه آصفیه در حیدرآباد دكن و تحقیق فراوان در دست‌نوشته‌هاى موجود در آن كتابخانه‌ها، پس از دستیابى به نسخه‌هاى ارزشمند این كتابخانه‌ها، از آنها عكسبردارى كرده و جهت استفاده خود و محققین دیگر به ایران آورده‌اند، تعداد این نسخه‌ها در كتابخانۀ ایشان به ۳۲۰ نسخه می‌رسد. مجموعه میکروفیلم‌ها نیز حاوى حدود سیصد حلقه میكروفیلم می‌باشد. بسیارى از میكروفیلم‌هاى موجود در كتابخانه حاوى مجموعه‌اى از نسخه‌هاى خطى است و بنابراین تعداد عناوین موجود در این بخش به ۷۰۰ عنوان می‌رسد.
كتابخانه محقق طباطبائى، توانسته است با پیاده كردن میكروفیلم‌ها به شكل کاغذی، دسترسى به این منابع را براى محققان آسانتر كند. فهرست این بخش، در انتهاى جلد سوم یادنامۀ محقق طباطبائى (المحقق الطباطبائي في ذكراه السنویة الأولى) به قلم محقق ارجمند جناب آقاى محمود طیار مراغى منتشر شده است.
هـ ـ نسخ خطی:
کتابخانۀ بنیاد حاوی مجموعه‌ای از نسخه‌های خطی است که در میان آنها دست‌نوشته‌های خاندان سید یزدی است. نسخۀ اصل دست‌نویس کتاب شریف عروة الوثقی نمونۀ ارزشمند این مجموعه است. این نسخه‌ها به صورت خاندانی جمع شده و در میراث محقق طباطبائی جای گرفته است.
و ـ اسناد:
مجموعۀ بزرگی از اسناد صاحب عروه، آیة الله سید محمدکاظم طباطبائی یزدی، شامل فتاوی و مکاتبات ایشان در بخش اسناد بنیاد نگهداری می‌شود. این مجموعه شامل اسناد سیاسی دوران مشروطه، اسناد فقهی و استفتائات، اسناد اجتماعی و مکاتبات با شیوخ عشایر و اسناد مالی است. تعداد این اسناد بیش از 6000 پاره سند است که اکثراً مربوط به سالهای پایانی حیات صاحب عروه است و شاید هیچ جا چنین مجموعه‌ای در تاریخ مرجعیت از یک مرجع بر جای نمانده باشد و از این حیث در نوع خود بی‌نظیر است و برای مطالعه اوضاع سیاسی و اجتماعی آن دوره، بسیار حائز اهمیت است.
ز ـ آرشیو صاحب عروه:
در این بخش، مجموعه‌ای از کتابها، رسائل، نشریات و یادداشت‌هایی که از صاحب عروة، یا دربارۀ ایشان منتشر شده است جمع‌آوری شده است و همچنان در حال توسعه است. این آرشیو، می‌تواند برای مطالعات فقهی و تاریخی دربارۀ زندگانی صاحب عروه و آراء و اندیشه‌های ایشان مورد استفاده پژوهشگران قرار گیرد.

سیستم كتابخانه به صورت باز بوده و همه روزه بجز ایام تعطیل رسمی، از ساعت هشت صبح تا چهار بعد از ظهر آمادۀ استقبال از محققان و پژوهشگران علوم اسلامى مى‌باشد.


بخش احیاء آثار محقق طباطبائی
محقق طباطبائی مجموعۀ بزرگی از یادداشت‌ها و تحقیقات خود را به صورت منتشرنشده بر جای گذاشت. فهرست آثار محقق طباطبائی که در این سایت نیز عرضه شده است، شامل بیش از چهل عنوان کتاب است. برخی از این تحقیقات و تألیفات صورت نهایی خود را پیدا نکرده و محقق طباطبائی در پی آن بود که با وسواس علمی و دقتی که در تحقیقات خود داشت، آنها را تکمیل کند. بخش احیاء آثار در بنیاد محقق طباطبائی، بخش قابل توجهی از این آثار را نهایی سازی کرده و آماده انتشار نموده است. تمامی دست‌نوشته‌ها و یادداشت‌های محقق طباطبائی در این بخش نگهداری می‌شود.

بخش عکس‌برداری و دیجیتال‌سازی
بنیاد محقق طباطبائی بخش عمدۀ آثار موجود در کتابخانه و آرشیو‌های خود را عکسبرداری نموده و به صورت دیجیتال نگهداری می‌کند و منابع خود را به صورت دیجیتال در اختیار محققان قرار می‌دهد. این بخش همچنین توانسته است خدمت عکسبرداری و دیجیتال‌سازی منابع مخطوط را به دیگر مجموعه‌های خطی خارج از بنیاد نیز ارائه کند. دارندگان نسخ خطی می‌توانند با مراجعه به این بخش، منابع خود را به صورت رایگان به صورت دیجیتالی در‌آورده و بنیاد طبق اجازه‌ای که از دارندگان نسخ خطی، برای نگهداری یا عدم نگهداری عکس‌ها در بنیاد و انحصار نسخۀ دیجیتال در دست صاحب نسخه، دریافت می‌کند، این خدمات را به دارندگان نسخ خطی ارائه می‌کند، تا در راستای حفظ میراث مکتوب اسلامی گامی برداشته باشد.

بخش برنامه‌نویسی و خدمات اینترنتی
این بخش عهده‌دار زمینه‌سازی ارائۀ خدمات کامپیوتری و تهیه و توسعۀ بانک اطلاعاتی بنیاد محقق طباطبائی است تا بستری مناسب برای فهرستنگاری منابع چاپی، خطی، اسناد و مدارک موجود در کتابخانه فراهم کند و برای حفظ و نگهداری و همچنین نشر اطلاعات بخش‌های مختلف خروجی‌های مختلفی متناسب با نیاز هر پروژه، طراحی و اجرا کند.

روابط عمومی
روباط عمومی بنیاد محقق طباطبائی همراه با فعالیت بنیاد، تلاش می‌کند با ایجاد رابطۀ مؤثر با محققان و مخاطبان خاص هر بخش، زمینۀ همکاری بنیاد را با مراکز و نهادها و محققان خارج سازمان را توسعه بدهد و برای به ثمر رسیدن فعالیت‌های دیگر بخش‌ها، اقدام به طراحی، اجرا و توسعۀ وبسایت بنیاد، برگزاری کنفرانس‌های تخصصی و تنظیم قراردادهای همکاری با مراکز و محققان دیگر می‌نماید.

انتشارات
انتشارات بنیاد محقق طباطبائی با اولویت آثار محقق طباطبائی، اقدام به نشر و توزیع کتابهایی در زمینۀ فعالیت بنیاد می‌نماید. آنچه تا کنون از سوی بنیاد منتشر شده است در بخش خاص انتشارات در این سایت منعکس شده است.

حوزۀ ریاست
بنیاد محقق طباطبائی از سال 1390 شمسی توسط سید علی طباطبائی یزدی بنیانگذاری شد و ریاست این بنیاد از زمان تأسیس تا کنون بر عهده ایشان است.