۱. تذکرة السالکین ( نامه های عرفانی مرحوم آقا محمد بیدآبادی) • نور السجاد، چاپ اول، قم، ۱۳۸۵ش.

۲. کتابشناسی تجرید الإعتقاد سرشناسه: علی صدرائی خوئی به کوشش: دکتر سید محمود مرعشی نجفی • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۸۲ش.

۳. فهرست نسخه های خطی فارسی انستیتو نسخه های خطی ترکمنستان ـ عشق آباد • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۲۵ق. برابر ۱۳۸۳ش.

۴. سیمای خوی • سازمان تبلیغات اسلامی، چاپ اول، تهران، ۱۳۷۳ش.

۵. فهرست نسخه های خطی کتابخانه تخصصی مرکز تحقیقات دار الحدیث سرشناسه: دارالحدیث. مرکز تحقیقات • فهرست نسخه های خطی کتابخانه تخصصی مرکز تحقیقات دارالحدیث، چاپ اول، قم، ۱۳۸۴ش.، 2 جلد • فهرست نسخه های خطی کتابخانه تخصصی مرکز تحقیقات دارالحدیث، چاپ اول، ۱۳۸۳ش.، ویراستار: قاسم شیرجعفری

۶. میراث حدیث شیعه به کوشش: مهدی مهریزی • قم، ۱۳۷۸ش.، 25 جلد

۷. ولایت نامه «غدیریه» گزارشی از قصیده غدیریه و زندگینامه ملامهرعلی فدوی خویی • انتشارات انصاریان، قم، ۱۳۷۶ش.

۸. فهرست نسخه های خطی کتابخانه عمومی آیة الله گلپایگانی (قم) به کوشش و ویرایش: مصطفی درایتی نگارش: ابوالفضل حافظیان بابلی • موسسه فرهنگی، پژوهشی الجواد (ع)، تهران، ۱۳۸۸ش.، 9 جلد

۹. رساله جهادیه نویسنده: ناشناس • میراث اسلامی ایران، کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۷۳ش.، 10 جلد

۱۰. تحفة المجاهدین نویسنده: محمد حسن بن محمد ابراهیم گیلانی • میراث اسلامی ایران، کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۷۳ش.، 10 جلد

۱۱. فهرستگان نسخه های خطی حدیث و علوم حدیث شیعه • مؤسسه علمی فرهنگی دار الحدیث، قم، ۱۳۸۲ش.، 12 جلد

۱۲. ذخائر الأسفار نویسنده: علی بن عبدالعظیم خیابانی تبریزی • میراث اسلامی ایران، کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۷۳ش.، 10 جلد

۱۳. شیخ بهایی مخزن اسرار سیر و سلوک • خوئی، چاپ اول، قم، ۱۳۹۱ش.

۱۴. آشنای حق اندیشه و رفتارهای سلوکی آقامحمد بیدآبادی (م 1198ق) • خوئی، چاپ اول، قم، ۱۳۹۱ش.، با تعلیق: آیة الله سید موسی شبیری زنجانی

۱۵. آشنای حق

۱۶. شیخ بهایی مخزن اسرار سیر و سلوک • انتشارات خویی، چاپ اول، قم، ۱۳۹۱ش.

۱۷. تذکرة الفضلاء (تحقیق) در تاریخ علما و عرفا و شعرای خوی (قرن چهارم هجری تا قرن چهاردهم ) نویسنده: جابر فاضلی خوئی • چاپ اول، ۱۳۸۹ش.، با مقدمه: سعید فاضلی خوئی

۱۸. مرآة الکتب (محقق ج 6و7) نویسنده: ثقة الاسلام علی تبریزی • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۹۰ش.، 7 جلد، محقق ج 1: محمد علی حائری

۱۹. رسائل فارسی (تحقیق و تصحیح) نویسنده: حسن بن عبدالرزاق لاهیجی • نشر قبله، چاپ اول، ۱۳۷۵ش.

۲۰. حسن دل (تحقیق و تصحیح) نویسنده: حکیم آقا محمد بیدآبادی • نهاوندی، چاپ اول، قم، ۱۳۸۰ش. • نهاوندی، چاپ اول، قم، ۱۳۷۶ش.، محقق: محمدجواد نورمحمدی، مصحح: محمدجواد نورمحمدی

۲۱. سه رساله اصولی و فقهی عارف حکیم آیت الله العظمی میرزا محمدعلی شاه آبادی (قدس‌سره) (تحقیق) نویسنده: آیت الله محمد علی شاه آبادی • پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی، تهران، ۱۳۸۶ش.

۲۲. سر مخزون در اثبات رجعت (تصحیح و مقدمه) نویسنده: حسن بن عبدالرزاق لاهیجی • نور ولایت، چاپ اول، تبریز، ۱۳۸۴ش.

۲۳. مرآة الشرق (تصحیح) موسوعة تراجم اعلام الشیعة الامامیة فی القرنی الثالث عشر و الرابع عشر نویسنده: محمدامین امامی خوئی • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، قم، ۱۴۲۷ق.، 2 جلد، اشراف: دکتر سید محمود مرعشی نجفی

۲۴. احسن التراتیب في نظم درر المکاتیب (تحقیق) نویسنده: حبیب الله شریف کاشانی • انتشارات خویی، قم، ۱۳۹۰ش.، مصحح: شعبان نصرتی

۲۵. الاجازة الکبیرة القرشیة (تصحیح) نویسنده: سید عبداللطیف قریشی کوه‌کمری • انتشارات خویی، چاپ اول، قم، ۱۴۳۹ق. برابر ۱۳۹۷ش.

۲۶. الذریعة إلی أحکام الشریعة (تصحیح و تحقیق) تقریر درس: آیة الله سید ابوالقاسم موسوی خویی، آیة الله سید محمد حجت کوه کمره ای • انتشارات خویی، چاپ اول، قم، ۱۴۴۱ق. برابر ۱۳۹۹ش.

۲۷. ترجمه نهج البلاغه الهی اردبیلی (مقدمه) مترجم: حسین الهی اردبیلی • ترجمه نهج البلاغه الهی اردبیلی، انتشارات خویی، چاپ اول، قم، ۱۴۰۰ش.، مصحح: صادق مرادی

۲۸. ریاض الجنة (کوشش در نشر) نویسنده: محمد حسن حسینی زنوزی • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۹۰ش.، 5 جلد، محقق: علی رفیعی علامرودشتی، اشراف: دکتر سید محمود مرعشی نجفی

۲۹. ترجمه مسمار العقیدة به کوشش: محمود طیار مراغی مترجم: ابن قطان

۱. نسخه های خطی مدرسه الواعظین لکهنو