در کیفیت وفات وی محققان و دانشمندان از متقدمین و متأخرین اختلاف نظر دارند، برخی برآنند که وی را مسموم نمودند و شاید این قول اصح باشد زیرا وی چنانکه میدانیم فحاش و بی‌پروا بود و در سراسر عمر خود بسیاری از امراء و فضلات و قضات را هجو گرفت و از این راه دشمنان بی‌شماری پیدا کرد و بعید نیست که به نیرنگ یکی از همین دشمنان مسموم شده‌است. عده‌ای دیگر معتقدند که بدیع‌الزمان پیش از مرگش مدفون گردید. باین نحو که او سکته نمود و مردم او را به گمان اینکه مرده‌است، به خاک سپردند ولی چون شب فرا رسید، صدای او را از گور شنیدند اما هنگامیکه قبر را شکافتند، بدیع‌الزمان در حالیکه ریشش را بر دست گرفته بود، درگذشته بود. مرگ وی در سال ۳۹۸ هجری قمری در هرات بوده‌است